“Klinik Örneklerden İzole Edilen Candida, Trichosporon, Geotrichum ve Rhodotorula Kökenlerinin DNA Dizi Analizi Yöntemi ile Tanımlanması”
Tez Türü: Doktora
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Gazi Üniversitesi, Sağlık Bilimleri Enstitüsü, Temel Tıp Bilimleri Bölümü, Türkiye
Tez Danışmanı: Prof.Dr.Semra Kuştimur
Tezin Onay Tarihi: 2012
Tezin Dili: Türkçe
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Desteklendiği Program: Öğretim Üyesi Yetiştirme Programı (ÖYP)
Özet:
İmmunsupresif hastalarda en sık rastlanan fungal
patojenlerin mayalar olduğu, bunlar arasında da en sık Candida'ların saptandığı
bildirilmektedir. Candida'lara ek olarak son yıllarda Trichosporon, Geotrichum,
Rhodotorula, Saccharomyces gibi maya benzeri mantarlara bağlı enfeksiyonlarda
artış görüldüğü belirtilmektedir. Cins düzeyinde tanımlama birçok maya mantarı
için yeterli olabilirken, özellikle antifungal ajanlara dirençli olan bazı
mayaların tür düzeyinde identifikasyonu önemli bir gereksinimdir.Çalışmamızın
amacı klinik örneklerden izole edilen ve klasik yöntemler ile tanımlanan
Candida, Trichosporon, Geotrichum ve Rhodotorulatürlerinin daha hızlı ve
güvenilir identifikasyonu amacıyla DNA dizi analizi yönteminin uygulanması ve
sonuçların karşılaştırılmasıdır.Bu amaçla çalışmaya 2010-2012 yılları arasında
Gazi Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Mikoloji
Laboratuvarı'na gönderilen klinik örneklerden izole edilen 45 maya kökeni ile
beş referans köken dahil edilmiştir. ITS ve D1-D2 bölgesinin DNA dizi analizi
sonuçları ile konvansiyonel metodlardan ID 32C ve mısır unu-tween 80 agar
sonuçları kıyaslandığında C.krusei, C.parapsilosis, C.lusitaniae, C.kefyr,
T.asahii, C.pelliculosa, C.tropicalis, G.capitatum, T.inkin ve R.muciloginosa
türüne ait kökenler tüm yöntemlerle aynı tanımlanmıştır.ID 32 C metodu ile
tanımlanan dokuz C.glabrata kökeninin ise ikisi hariç yedi kökeni tür düzeyinde
doğru tanımlandığı saptanmıştır. ID 32 C yöntemi ile C.glabrata olarak
tanımladığımız iki köken dizi analizi sonucuna göre sırasıyla
Candidapelliculosa ve Pichiakluyveri olarak tanımlanmıştır. Mısır unu tween 80
agar'da iki kökenin C.glabrata ile uyumsuz morfoloji gösterdiği
gözlenmiştir.Klasik yöntemler ile tanımlamada sorun yaşanan ve nadir rastlanan
maya türlerinin identifikasyonunda veya çok hızlı tanımlama gerektiren
durumlarda DNA dizi analizi yönteminin kullanabileceği sonucuna varılmıştır.